Wallmapuwen está dirigido por una Mesa Ejecutiva electa entre y por los afiliados a Wallmapuwen. Esta mesa ejecutiva constituye la dirigencia nacional del partido.

A su vez Wallmapuwen tiene un Tribunal Supremo que es el órgano encargado de impartir justicia de acuerdo a los estatutos que nos rigen.

Por último en esta primera fase de implantación territorial y constitución legal, Wallmapuwen ha creado algunos comités ejecutivos como el de finanzas y comunicaciones para operativizar las labores de gestión y dirección cotidiana. Sin embargo, en esta primera fase no dispone de otras estructuras más complejas propias de partidos ya creados e implantados territorialmente.

En esta primera fase, antes de constituir otras superestructuras contempladas en los estatutos (como el consejo nacional del partido, las directivas regionales y las asambleas comunales), Wallmapuwen tiene el primer desafío de conformar cientos de núcleos militantes de base en decenas de comunas de las regiones que administrativamente conforman el País Mapuche. Igual desafío tenemos en la diáspora de los mapuche en Santiaw. En la medida en que se vaya logrando estos objetivos tendrá sentido la crear de superestructuras mediadoras con la base como un paso que facilite la coordinación orgánica y la toma de decisiones, entre la directiva nacional y las directivas comunales del partido.