El modelo de organización del partido está basado sobre estructuras descentralizadas, flexibles y horizontalmente conectadas en red, con una estructura de mando moderna y ejecutiva.

La soberanía del Partido radica en sus afiliados y se ejerce mediante su participación en los distintos órganos del partido, en la forma regulada los estatutos.

Wallmapuwen está dirigido por órganos colegiados, con miembros electos directamente por la base.